Uniwersytet w Białymstoku - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Przedmiot do wyboru - Diagnostyka molekularna 320-BS2-2PDW12
Laboratorium (LAB) Rok akademicki 2021/22

Informacje o zajęciach (wspólne dla wszystkich grup)

Liczba godzin: 15
Limit miejsc: 24
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Literatura:

Literatura podstawowa:

1. Bal J. (red.). 2013. Biologia molekularna w medycynie. Elementy genetyki klinicznej. PWN. Warszawa.

2. Christiansen D.G. 2005. A microsatellite-based method for genotyping diploid and triploid water grog of the Rana esculenta hybrid complex. Molecular Ecology Notes, 5: 190-193.https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/j.1471-8286.2004.00869.x

3. Hauswaldt J.S., Höer M., Ogielska M., Christiansen D.G., Dziewulska-Szwajkowska D., Czernicka E., Vences M. 2012. A simplified molecular method for distinguishing among species and ploidy levels in European water frogs (Pelophylax). Molecular Ecology Resources, 12: 797-805. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/j.1755-0998.2012.03160.x

4. Pilot M., Rutkowski R. 2005. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych. Warszawa : Muzeum i Instytut Zoologii PAN.

5. Ratkiewicz. M. 2006. Od genetyki do genomiki populacji: nowe perspektywy badań w ekologii i biologii ewolucyjnej. KOSMOS problemy nauk biologicznych. Tom 55, numer 1 (270), str. 129-136. http://kosmos.icm.edu.pl/PDF/2006/129.pdf

6. Świsłocka, M., Czajkowska, M., Duda, N., & Ratkiewicz, M. 2015. Admixture promotes genetic variation in bottlenecked moose populations in eastern Poland. Mammal Research, 60(2), 169-179. https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s13364-015-0221-5.pdf

Literatura uzupełniająca:

1. Słomski R. (red.). 2014. Analiza DNA: praktyka. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań.

2. Węgleński P. (red.). 2018. Genetyka molekularna. PWN. Warszawa.

Efekty uczenia się:

WIEDZA:

1. Student zna i rozumie złożone procesy komórkowe na poziomie molekularnym (KA7_WG2).

2. Student zna i rozumie nowoczesne metody diagnostyczne, w tym statystyczne, stosowane w badaniach molekularnych (KA7_WG6).

3. Student zna i rozumie główne tendencje rozwojowe nauk biologicznych oraz czynniki, w tym finansowe, umożliwiające prowadzenie badań laboratoryjnych oraz diagnostycznych (KA7_WG7).

UMIEJĘTNOŚCI:

1. Student potrafi wykorzystywać zaawansowane narzędzia laboratoryjne i urządzenia pomiarowe w celu rozwiązywania zadań z zakresu diagnostyki laboratoryjnej (KA7_UW2).

KOMPETENCJE SPOŁECZNE:

1. Student jest gotów do systematycznego zapoznawania się z najnowszymi osiągnięciami naukowymi z dziedziny diagnostyki molekularnej (KA7_KK1).

Sposoby weryfikacji:

- bieżąca ocena prawidłowo wykonanych zadań praktycznych,

- bieżąca ocena prawidłowo uzupełnionych kart pracy,

- kolokwium pisemne (pytania zamknięte).

Metody i kryteria oceniania:

1. Bieżąca kontrola stanu wiedzy studentów w trakcie trwania laboratoriów.

2. Bieżąca kontrola praktycznych zadań laboratoryjnych wykonywanych przez studenta podczas zajęć: stosowanie różnych technik molekularnych oraz obsługa sprzętu laboratoryjnego.

3. Kontrola obecności studenta na zajęciach laboratoryjnych (dopuszcza się jedną nieobecność na zajęciach z koniecznością napisania pisemnego referatu na wyznaczony przez Prowadzącego temat z zakresu diagnostyki molekularnej)

4. Pozytywna ocena z kolokwium - sprawdzian pisemny (test zamknięty).

Warunkiem zaliczenia zajęć laboratoryjnych jest pozytywna ocena z kolokwium.

Metody sprawdzenia czy zakładane efekty kształcenia zostały osiągnięte: bieżąca ocena prawidłowo wykonanych zadań praktycznych, bieżąca ocena prawidłowo uzupełnionych kart pracy, kolokwium pisemne (pytania zamknięte).

Zakres tematów:

1. Izolacja DNA z odchodów Cervidae:

a) Izolacja DNA z odchodów Cervidae na kolumnach ze złożem krzemionkowym;

b) Elektroforeza na żelu agarozowym - sprawdzenie jakości i ilości DNA.

2. Reakcja PCR w diagnostyce molekularnej:

a) Zasady techniki PCR, PCR multipleks, FastPCR;

b) Kontrola reakcji PCR;

c) Nastawienie reakcji PCR i PCR multipleks – loci mikrosatelitarnego DNA.

3. Wykorzystanie loci mikrosatelitarnego DNA w diagnostyce molekularnej:

a) Przygotowanie prób do analiz w sekwenatorze kapilarnym – denaturacja produktów reakcji multipleks PCR;

b) Elektroforetyczny rozdział produktów reakcji multipleks PCR w sekwenatorze kapilarnym;

c) Analiza długości fragmentów mikrosatelitarnego DNA z wykorzystaniem narzędzia Auto Bin w programie GeneMapper v4.0;

d) Interpretacja uzyskanych wyników: identyfikacja osobników oraz ich płci.

4. Molekularna identyfikacja gatunków oraz systemów genetycznych żab zielonych (Pelophylax):

a) Elektroforeza na żelu agarozowym – analiza polimorfizmu długości sekwencji genu SAI-1;

b) Przygotowanie prób do analiz w sekwenatorze kapilarnym – denaturacja produktów reakcji PCR (gen SAI-1);

c) Elektroforetyczny rozdział produktów reakcji PCR w sekwenatorze kapilarnym;

d) Interpretacja uzyskanych wyników: określenie gatunków oraz systemów genetycznych żab zielonych (Pelophylax).

5. Ustalanie rodzicielstwa i wieloojcostwa norników (Microtus sp.) na podstawie danych molekularnych:

a) Badania genetyczne w ustaleniu ojcostwa;

b) Przygotowanie surowych danych genetycznych do analizy wieloojcostwa u norników (Microtus sp.);

c) Analiza wieloojcostwa – praca z programem Cervus oraz GERUD 2.0.

Metody dydaktyczne:

1. Praca z instrukcjami przygotowanymi na zajęcia.

2. Praca w czteroosobowych grupach.

3. Praktyczne wykonywanie zadań laboratoryjnych związanych z pracą z pipetami i odczynnikami molekularnymi oraz obsługą urządzeń znajdujących się na wyposażeniu laboratorium molekularnego.

4. Uzupełnianie kart pracy na zajęciach laboratoryjnych.

5. Konsultacje.

Grupy zajęciowe

zobacz na planie zajęć

Grupa Termin(y) Prowadzący Miejsca Akcje
1 (brak danych), (sala nieznana)
Magdalena Świsłocka, Magdalena Czajkowska 11/ szczegóły
2 (brak danych), (sala nieznana)
Magdalena Świsłocka, Magdalena Czajkowska 12/ szczegóły
Wszystkie zajęcia odbywają się w budynku:
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.