Uniwersytet w Białymstoku - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Filogenetyka molekularna 320-PS2-2FIM
Wykład (WYK) Rok akademicki 2022/23

Informacje o zajęciach (wspólne dla wszystkich grup)

Liczba godzin: 15
Limit miejsc: (brak limitu)
Literatura:

1. Hall. B. Łatwe drzewa filogenetyczne. Warszawa 2008.

2. https://www.megasoftware.net/

3. Hall B (2013) Building Phylogenetic Trees from Molecular Data With MEGA. Molecular Biology and Evolution 30:1229-1235. (https://academic.oup.com/mbe/article/30/5/1229/992850?login=true).

4. Najnowsze publikacje w temacie.

Efekty uczenia się:

1. Student wyjaśnia zasady konstruowania drzew filogenetycznych na podstawie danych molekularnych, w tym sekwencji DNA oraz białek jak i macierzy dystansów. (KA7_WG1, KA7_WG5)

2. Student odnajduje najlepszy model ewolucji sekwencji DNA, charakteryzuje poszczególne metody filogenetyczne oraz zna metody ich testowania statystycznego (KA7_WG7).

3. Posługując się odpowiednim oprogramowaniem oraz zestawami sekwencji DNA lub macierzami dystansów genetycznych student konstruuje różne rodzaje drzew filogenetycznych oraz sieci ewolucyjne. (KA7_WG7).

4. Student jest świadomy możliwości badawczych i aplikacyjnych, jakie dają narzędzia filogenetyki molekularnej. jest zdolny do zespołowej i samodzielnej pracy podczas wykonywania analiz komputerowych z zakresu filogenetyki molekularnej (KA7_KK1).

Metody weryfikacji efektów (KA7_KK1,WG5, WG1,WG7): egzamin pisemny, pytania otwarte i zamknięte.

Metody i kryteria oceniania:

Zaliczenie pisemne, pytania otwarte i zamknięte.

Metody weryfikacji efektów (KA7_KK1,WG5, WG1,WG7): egzamin pisemny, pytania otwarte i zamknięte.

Kryteria oceny pisemnych prac zaliczeniowych zgodnie z kryteriami określonymi w §23 ust. 6 Regulaminu Studiów Uniwersytetu w

Białymstoku przyjętego Uchwałą nr 2527 Senatu Uniwersytetu w Białymstoku z dnia 26 czerwca 2019 roku.

Zakres tematów:

Celem przedmiotu jest poznanie fachowej terminologii oraz metod konstruowania drzew filogenetycznych na podstawie analizy sekwencji

DNA i sekwencji białek oraz macierzy dystansów genetycznych, zdobycie umiejętności ich stosowania w praktyce w celu odtworzenia

przebiegu filogenezy a także testowanie statystyczne uzyskanych drzew filogenetycznych. Student w stopniu pogłębionym poznaje

możliwości i ograniczenia poszczególnych metod filogenetycznych oraz zdobywa umiejętność ich wykonania wraz z obsługą niezbędnego

oprogramowania, takich jak: MEGA XI (lub wyższego) i innych oraz dowiaduje się, jak wykonać pogłębione analizy stosowane w

filogenetyce (testowanie modeli ewolucji sekwencji, testowanie działania doboru na sekwencję DNA, wyznaczanie stopnia dywergencji

sekwencji, datowanie zdarzeń ewolucyjnych). Zna w stopniu pogłębionym zasady i potrafi konstruować oraz interpretować sieci

filogenetyczne (w programie POPART). Student umie przeglądać i wykorzystywać podstawowe bazydanych sekwencji DNA, np. NCBI

(GenBank) w celu pobierania i przygotowywania zestawów danych do analiz filogenetycznych. Poznaje teorię koalescencji w filogenetyce

i poznaje w stopniu pogłębionym osiągnięcia i zasady filogeografii. Podane zostaną sposoby wyznaczania stanów ancestralnych

występujących u przodków. Na licznych

przykładach z literatury fachowej podczas wykładów zostaną zaprezentowane dotychczasowe osiągnięcia filogenetyki molekularnej, m.in.

o pochodzeniu

endosymbiontów, trzech głównych gałęziach życia, koewolucji układu pasożyt-żywiciel, pokrewieństw człowieka z innymi naczelnymi oraz

ewolucji współczesnych ludzi. Z kształtu i topologii drzew student dowie się, jak zidentyfikować prawdopodobne siły ewolucyjne, które je

ukształtowały.

Przedmiot pokazuje filogenezę molekularną jako wartościowe narzędzie badawcze umożliwiające uzyskanie informacji na temat

pochodzenia organizmów i powstawania gatunków (specjacji) oraz procesów ewolucyjnych, które doprowadziły do obserwowanej

różnorodności organizmów żywych.

Metody filogenetyczne: MP, UPGMA, NJ, ML, Bayesowska, filogenomika.

Metody dydaktyczne:

wykład, wykład problemowy, pokaz działania programu MEGA XI oraz stron internetowych dedykowanych filogenetyce i filogenomice

molekularnej.

Grupy zajęciowe

zobacz na planie zajęć

Grupa Termin(y) Prowadzący Miejsca Liczba osób w grupie / limit miejsc Akcje
1 (brak danych), (sala nieznana)
Mirosław Ratkiewicz 5/ szczegóły
Wszystkie zajęcia odbywają się w budynku:
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.
ul. Świerkowa 20B, 15-328 Białystok tel: +48 85 745 70 00 (Centrala) https://uwb.edu.pl kontakt deklaracja dostępności USOSweb 6.8.0.0-5 (2022-09-30)