Bioinformatyka
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 510-IS1-3BIO |
Kod Erasmus / ISCED: |
11.303
|
Nazwa przedmiotu: | Bioinformatyka |
Jednostka: | Wydział Informatyki |
Grupy: |
3 rok 1 stopnia sem. letni Informatyka 3 rok 1 stopnia sem. zimowy Informatyka 3L stac. I st. studia informatyki - przedmioty fakultatywne |
Punkty ECTS i inne: |
4.00
|
Język prowadzenia: | angielski |
Rodzaj przedmiotu: | fakultatywne |
Założenia (lista przedmiotów): | Algorytmy i struktury danych 510-IS1-2ASD-23 |
Założenia (opisowo): | Student powinien dysponować wiedzą i umiejętnościami w zakresie programowania oraz podstawową wiedzą z dziedziny statystyki. Przedmioty wstępne: Podstawy programowania strukturalnego Wstęp do programowania obiektowego Algorytmy i struktury danych Bazy danych |
Skrócony opis: |
Celem przedmiotu jest pokazanie praktycznych zastosowań różnorodnych metod algorytmów i narzędzi informatycznych w zastosowaniach naukowych na przykładzie biologii i medycyny. Podstawowy nacisk jest położony na zastosowania analizy danych, uczenia maszynowego i wykorzystanie języków programowania stosowanych w analizie danych: R i Python. W ramach wykładu przedstawione będą podstawy wiedzy dziedzinowej i pokazanie w jaki sposób metody informatyczne są stosowane do pogłębiania wiedzy na fundamentalne poznanie wiedzy w naukach o życiu i medycynie. W szczególności przedstawione zostaną algorytmy wykorzystywane w analizie sekwencji biologicznych oraz zastosowanie algorytmów uczenia maszynowego analizie wielkoskalowych danych generowanych przez wysokoprzepustowe metody biologii molekularnej. Ćwiczenia laboratoryjne będą poświęcone implementacjom podstawowych algorytmów bioinformatycznych a także zastosowaniu wybranych metod uczenia maszynowego do analizy danych wysokoprzepustowych. |
Pełny opis: |
Profil studiów: ogólnoakademicki Forma studiów: stacjonarne Rodzaj przedmiotu: fakultatywny Dziedzina i dyscyplina nauki: nauki ścisłe i przyrodnicze, informatyka Rok studiów / semestr: 3 / 5 Wymagania wstępne (tzw. sekwencyjny system zajęć i egzaminów): Przedmioty wprowadzające: Podstawy programowania strukturalnego Wstęp do programowania obiektowego Algorytmy i struktury danych Bazy danych Wykład: 15h Laboratorium: 30h Metody dydaktyczne: Materiały dydaktyczne są opracowane w formacie slajdów pdf i prezentowane w trakcie wykładów. Instrukcje laboratoryjne są udostępniane studentom na każdych zajęciach. Przewidziane są także konsultacje. Punkty ECTS: 4 Bilans nakładu pracy studenta: Udział w zajęciach: - wykład 15h - laboratorium 30h Przygotowanie do zajęć: - wykład 0h - laboratorium 10h Zapoznanie z literaturą: 5h Sprawozdania, raporty z zajęć, prace domowe: 25h Przygotowanie do zaliczenia: 10h Udział w konsultacjach: 5h Wskaźniki ilościowe: Nakład pracy studenta związany z zajęciami: - wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela: 50h, 2ECTS - nakład pracy studenta, który nie wymaga bezpośredniego udziału nauczyciela: 50h, 2 ECTS |
Literatura: |
iteratura podstawowa: Programowanie w języku R : analiza danych, obliczenia, symulacje / Marek Gągolewski., 2014 Python dla każdego : podstawy programowania. / Michael Dawson Podstawy bioinformatyki / Jin Xiong, Warszawa : Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2009. Bioinformatyka i ewolucja molekularna / Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood 2008 Literatura uzupełniająca: Introductory Bioinformatics, Fourth Edition. Stefanie Hartmann, Joachim Selbig Bioinformatics and Functional Genomics, Second Edition, Jonathan Pevsner. Bioinformatics for Dummies, Second Edition, Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame http://pl.python.org/kursy,jezyka.html http://www.r-project.org/ |
Efekty uczenia się: |
KP6_WG4, KP6_WG11, KP6_UW3, KP6_UW8, KP6_UW14, KP6_UK3, KP6_UO1, KP6_UO2, KP6_UU1, KP6_KO1 |
Metody i kryteria oceniania: |
Ogólna forma zaliczenia: zaliczenie na ocenę Zaliczenie przedmiotu wymaga spełnienia następujących warunków: a) uzyskanie pozytywnej oceny z laboratorium (uzyskanie co najmniej 50% maksymalnej liczby punktów z sprawozdań); b) uzyskanie co najmniej 50% maksymalnej liczby punktów z kolokwium pisemnego sprawdzającego znajomość materiału omawianego na wykładach. |
Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2024/25" (w trakcie)
Okres: | 2024-10-01 - 2025-06-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 15 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Witold Rudnicki | |
Prowadzący grup: | Aneta Polewko-Klim, Witold Rudnicki, Piotr Stomma | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.