Uniwersytet w Białymstoku - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Biologiczne bazy danych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 0200-BS1-3BBD Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Biologiczne bazy danych
Jednostka: Instytut Biologii
Grupy: 3L stac. I stopnia studia biologiczne-przedm.obowiązkowe
III. rok biologii sem let EM
Punkty ECTS i inne: 4.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Założenia (opisowo):

Celem przedmiotu jest zapoznanie studenta z funkcjonowaniem, budową, znaczeniem i wykorzystaniem baz danych w naukach przyrodniczych. Na zajęciach przedstawiane są poszczególne bazy danych sekwencyjne i niesekwencyjne, związane ogólnie ze sposobem deponowaniach danych genetycznych, o bioróżnorodności organizmów żyjących w obecnym czasie i organizmów prehistorycznych, materii nieożywionej. Przedawniane i omawiane są poszczególne bazy danych funkcjonujące w Polsce, Europie i na świecie. Studenci wykonują zadania związane z bazami danych.

Skrócony opis:

Celem przedmiotu jest zapoznanie studenta z zasobami baz danych związanych z naukami przyrodniczymi, wyjaśnieniem ich budowy i funkcjonowaniem.

Pełny opis:

Biologiczne bazy danych i bioinformatyka. Pierwsze bazy

danych. Różnorodność baz danych.

2. Źródła danych biologicznych i rodzaje danych biologicznych.

3. Biologiczne bazy danych oraz struktura ich rekordów. Podział

baz danych: niesekwencyjne, sekwencyjne, metabazy.

4. Przegląd internetowych biologicznych baz danych o zasięgu

światowym i krajowym. Bazy sekwencji DNA (GenBank,

EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy,

Swiss-Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy

bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf) i inne

bazy wtórne i specjalistyczne.

5. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz

danych. Narzędzia służące do przeglądania i pobierania danych.

6. Wykorzystanie danych zgromadzonych w bazach w badaniach

biologicznych (analiza struktury DNA, RNA, analiza sekwencji

białek, analiza filogenetyczna) - etapy, modele, programy

dostępne w Internecie.

Literatura:

Literatura:

1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Warszawa.

2. Higgs P.W., Attwood T.K. 2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.

3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov

4. http://www.embl.de/

5. http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Literatura uzupełniająca:

1. Xiong J. 2009. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa.

2. http://www.ensembl.org/info/index.html

3. http://www.gbif.org/

Efekty uczenia się:

1. Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z pojęciem biologicznych baz danych.

2. Student wyjaśnia podstawowe definicje: dana, informacja, rekord, baza danych, bioinformatyka (K_W02 K_W10, K_K01, K_K03).

3. Student uzyskuje teoretyczną i praktyczną wiedzę na temat zastosowania baz danych sekwencyjnych i niesekwencyjnych w naukach biologicznych (K_W05, K_W10, K_U02, K_U11, K_K05).

4. Student wyjaśnia w jaki sposób bazy danych są wykorzystywane w naukach biologicznych (K_W01, K_U07, K_K01, K_K08).

Metody i kryteria oceniania:

1. Obecność na zajęciach (dopuszcza się możliwość opuszczenia dwóch wykładów).

2. Pozytywna ocena zaliczenia laboratoriów.

3. Pozytywna ocena zaliczenia wykładu.

Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2018/19" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-06-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Ada Wróblewska
Prowadzący grup: Ada Wróblewska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2019/20" (zakończony)

Okres: 2019-10-01 - 2020-06-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Ada Wróblewska
Prowadzący grup: Joanna Jarosz, Ada Wróblewska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.