Biologiczne bazy danych
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 0200-BS1-3BBD | Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
| Nazwa przedmiotu: | Biologiczne bazy danych | ||
| Jednostka: | Instytut Biologii | ||
| Grupy: |
3L stac. I stopnia studia biologiczne-przedm.obowiązkowe III. rok biologii sem let EM |
||
| Punkty ECTS i inne: |
4.00   zobacz reguły punktacji |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
||
| Założenia (opisowo): | Celem przedmiotu jest zapoznanie studenta z funkcjonowaniem, budową, znaczeniem i wykorzystaniem baz danych w naukach przyrodniczych. Na zajęciach przedstawiane są poszczególne bazy danych sekwencyjne i niesekwencyjne, związane ogólnie ze sposobem deponowaniach danych genetycznych, o bioróżnorodności organizmów żyjących w obecnym czasie i organizmów prehistorycznych, materii nieożywionej. Przedawniane i omawiane są poszczególne bazy danych funkcjonujące w Polsce, Europie i na świecie. Studenci wykonują zadania związane z bazami danych. |
||
| Skrócony opis: |
Celem przedmiotu jest zapoznanie studenta z zasobami baz danych związanych z naukami przyrodniczymi, wyjaśnieniem ich budowy i funkcjonowaniem. |
||
| Pełny opis: |
Biologiczne bazy danych i bioinformatyka. Pierwsze bazy danych. Różnorodność baz danych. 2. Źródła danych biologicznych i rodzaje danych biologicznych. 3. Biologiczne bazy danych oraz struktura ich rekordów. Podział baz danych: niesekwencyjne, sekwencyjne, metabazy. 4. Przegląd internetowych biologicznych baz danych o zasięgu światowym i krajowym. Bazy sekwencji DNA (GenBank, EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss-Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf) i inne bazy wtórne i specjalistyczne. 5. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych. Narzędzia służące do przeglądania i pobierania danych. 6. Wykorzystanie danych zgromadzonych w bazach w badaniach biologicznych (analiza struktury DNA, RNA, analiza sekwencji białek, analiza filogenetyczna) - etapy, modele, programy dostępne w Internecie. |
||
| Literatura: |
Literatura: 1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Warszawa. 2. Higgs P.W., Attwood T.K. 2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa. 3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov 4. http://www.embl.de/ 5. http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Literatura uzupełniająca: 1. Xiong J. 2009. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa. 2. http://www.ensembl.org/info/index.html 3. http://www.gbif.org/ |
||
| Efekty uczenia się: |
1. Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z pojęciem biologicznych baz danych. 2. Student wyjaśnia podstawowe definicje: dana, informacja, rekord, baza danych, bioinformatyka (K_W02 K_W10, K_K01, K_K03). 3. Student uzyskuje teoretyczną i praktyczną wiedzę na temat zastosowania baz danych sekwencyjnych i niesekwencyjnych w naukach biologicznych (K_W05, K_W10, K_U02, K_U11, K_K05). 4. Student wyjaśnia w jaki sposób bazy danych są wykorzystywane w naukach biologicznych (K_W01, K_U07, K_K01, K_K08). |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
1. Obecność na zajęciach (dopuszcza się możliwość opuszczenia dwóch wykładów). 2. Pozytywna ocena zaliczenia laboratoriów. 3. Pozytywna ocena zaliczenia wykładu. |
||
Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2018/19" (zakończony)
| Okres: | 2018-10-01 - 2019-06-30 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 15 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Ada Wróblewska | |
| Prowadzący grup: | Ada Wróblewska | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę |
Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2019/20" (zakończony)
| Okres: | 2019-10-01 - 2020-06-30 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 15 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Ada Wróblewska | |
| Prowadzący grup: | Joanna Jarosz, Ada Wróblewska | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.