Przedmiot do wyboru - Bioinformatyka
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 0200-BS2-2PW09 |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Przedmiot do wyboru - Bioinformatyka |
Jednostka: | Instytut Biologii |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | polski |
Rodzaj przedmiotu: | fakultatywne |
Założenia (opisowo): | Znajomość zasad biologii molekularnej (w zakresie obowiązującym na specjalności Mikrobiologia) i podstaw obsługi komputera. |
Tryb prowadzenia przedmiotu: | w sali |
Skrócony opis: |
Zapoznanie studentów z praktycznymi podstawami pracy w systemie BioLinux, w szczególności z linią komend; podstawowymi typami plików oraz ich modyfikacją z wykorzystaniem wyrażeń regularnych; automatyzacją pracy poprzez stosowanie skryptów i pętli; podstawowymi pakietami do obróbki sekwencji nukleotydowych (pakiet EMBOSS); przyrównaniem sekwencji; najważniejszymi bazami danych sekwencji biologicznych. Kurs przygotowuje studentów do pracy zdalnej na serwerach poprzez linię komend. |
Pełny opis: |
Profil studiów: ogólnoakademicki Forma studiów: stacjonarne Rodzaj przedmiotu: przedmiot do wyboru Dziedzina i dyscyplina nauki: nauki biologiczne (biologia); nauki matematyczne (informatyka) Poziom kształcenia: studia drugiego stopnia Rok studiów/semestr: II rok, semestr zimowy Liczba godzin dydaktycznych: laboratorium - 30 godz. Metody dydaktyczne: prezentacja, metoda zajęć praktycznych, konsultacje. Punkty ECTS: 3 Bilans nakładu pracy studenta: ogólny nakład pracy studenta: 60 godz., w tym: udział w zajęciach laboratoryjnych: 30 godz. przygotowanie się do zajęć, zaliczeń: 24,4 godz. udział w konsultacjach, zaliczeniach: 5,6 godz. Wskaźniki ilościowe: nakład pracy studenta wiązany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela: 35,6 godz, 1,4 pkt. ECTS nakład pracy studenta związany z zajęciami o charakterze praktycznym: 60 godz., 2,4 pkt. ECTS |
Literatura: |
Literatura podstawowa: 1. Haddock S.H.D., Dunn C.W. (2010) Practical computing for biologist, Oxford University Press. 2. Higgs P., Attwood T. (2008) Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN. 3. Hall B. (2008) Łatwe drzewa filogenetyczne, Wyd. UW. 4. Gruca A. (2010) Bioinformatyczne bazy danych, Wyd. PJWSTK; https://repin.pjwstk.edu.pl/xmlui/bitstream/handle/186319/188/Bioinformatyczne_bazy_danych.pdf?sequence=3 |
Efekty uczenia się: |
1. Student zna i rozumie jedność i różnorodność organizmów z uwzględnieniem złożoności procesów i zjawisk przyrodniczych: KA7_WG1 2. Student opisuje złożone procesy komórkowe na poziomie molekularnym i strukturalnym (w kontekście sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych): KA7_WG2 3. Student dobiera adekwatną do postawionych celów metodę badawczą, interpretuje uzyskane wyniki oraz formuuje wnioski na ich podstawie, jak i na podstawie danych z literatury: KA7_UW1 4 Student posługuje się zaawansowanymi narzędziami statystycznymi i technikami informatycznymi, w tym multimedialnymi, w celu prezentacji wyników doświadczeń, analizy danych i opisu zjawisk: KA7_UW4 5. Student korzystając z różnych baz danych dobiera literaturę naukową polsko- i obcojęzyczną właściwie do postawionych zadań, uzyskane informacje syntetyzuje i poddaje krytycznej analizie: KA7_UW5 6. Student jest przekonany o potrzebie systematycznego zapoznawania się z najnowszymi osiągnięciami naukowymi w celu rozwiązywania problemów: KA7_KK1 |
Metody i kryteria oceniania: |
Forma zaliczenia przedmiotu: zaliczenie na ocenę. Weryfikacja i ocena osiągniętych przez studenta efektów kształcenia następuje: w ramach bieżącej oceny pracy studentów podczas zajęć; w ramach pracy zdalnej na udostępnionym serwerze; oraz pisemnego kolokwium. Wymagana jest ocena pozytywna z każdego z wyżej wymienionych. Kryteria oceny pisemnych prac zaliczeniowych zgodnie z kryteriami określonymi w §23 ust. 6 Regulaminu Studiów Uniwersytetu w Białymstoku przyjętego Uchwałą nr 2527 Senatu Uniwersytetu w Białymstoku z dnia 26 czerwca 2019 roku. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.