Uniwersytet w Białymstoku - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Biologiczne bazy danych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 320-BS1-3BBD Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (0519) Nauki biologiczne (inne)
Nazwa przedmiotu: Biologiczne bazy danych
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: 3L stac. I stopnia studia biologiczne-przedm.obowiązkowe
Punkty ECTS i inne: 4.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Założenia (opisowo):

Po ukończeniu przedmiotu student powinien wymienić i opisać biologiczne bazy danych dostępne w sieci interenowej. Student posiada ogólną znajomość oprogramowania bioinformatycznego oraz zdolność samodzielnego wyszukiwania danych w bazach bioinformatycznych oraz ogólnobiologicznych, analizowania ich oraz interpretacji uzyskanych wyników.

Tryb prowadzenia przedmiotu:

w sali

Skrócony opis:

Student poznaje historię ewolucji definicji wiedzy, danych, informacji, przetwarzania informacji i jej deponowania, cechy i typy baz danych (sekwencyjne i niesekwencyjne).

Pełny opis:

Treści merytoryczne przedmiotu:

1. Bioinformatyka i biologiczne bazy danych. Pierwsze bazy danych. Różnorodność baz danych.

2. Źródła danych biologicznych i rodzaje danych biologicznych.

3. Biologiczne bazy danych oraz struktura ich rekordów. Podział baz danych: niesekwencyjne, sekwencyjne, metabazy.

4. Przegląd internetowych biologicznych baz danych o zasięgu światowym i krajowym. Bazy sekwencji DNA (GenBank, EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss-Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf) i inne bazy wtórne i specjalistyczne.

5. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych. Narzędzia służące do przeglądania i pobierania danych.

6. Wykorzystanie danych zgromadzonych w bazach w badaniach biologicznych (analiza struktury DNA, RNA, analiza sekwencji białek, analiza filogenetyczna) - etapy, modele, programy dostępne w Internecie.

7. Niesekwencyjne bazy danych:

- Zasady działania oraz porównanie wyników uzyskanych z baz danych Ebsco, Google Scholar, PubMed, Scopus oraz Web of Knowledge. Wyszukiwanie rekordów według określonych kryteriów (nazwisko i imię, hasło, data publikacji, itp.) oraz przygotowanie zestawień opisujących te rekordy.

- Zastosowanie innych biologicznych baz danych o zasięgu światowym i krajowym. Opis biologii i historii wybranych gatunków roślin i zwierząt z zastosowaniem poznanych baz danych.

Literatura:

1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.

Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,

Warszawa.

2. Higgs P.W., Attwood T.K. 2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.

3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov

4. http://www.embl.de/

5. http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Literatura uzupełniająca:

1. Xiong J. 2009. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa.

2. http://www.ensembl.org/info/index.html

3. http://www.gbif.org/

Efekty uczenia się:

1.Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z innymi dyscyplinami

przyrodniczymi (K_W02).

2. Student potrafi wskazać podstawowe narzędzia informatyczne niezbędne do opisu procesów przyrodniczych i podaje ich przykłady (K_W12).

3. Student posługuje się podstawową literaturą fachową w języku ojczystym oraz posiłkuje się prostą terminologią specjalistyczną w języku obcym, korzystając z dostępnych baz danych( K_U06, K_U07, K_U15).

4. Student samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w celu jej pogłębiania, aktualizowania i syntetyzowania oraz prezentuje treści naukowe (K_U08).

5. Pracuje samodzielnie i zespołowo w rozwiązywaniu problemów (K_K02).

6. Student wykazuje kreatywność w poszukiwaniach i doborze danych z literatury i krytycyzm w wyrażaniu opinii (K_U16, K_K03).

Metody i kryteria oceniania:

Metody dydaktyczne: wykład, konsultacje, laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i danych internetowych.

Formy zaliczenia przedmiotu: zaliczenie na ocenę laboratoriów i wykładu (dopuszcza się możliwość opuszczenia jednego wykładu).

Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2020/21" (w trakcie)

Okres: 2020-10-01 - 2021-06-30
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Ada Wróblewska
Prowadzący grup: Paweł Mirski, Izabela Tałałaj, Ada Wróblewska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.