Uniwersytet w Białymstoku - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Wstęp do genetyki mikroorganizmów 320-BS1-2WGM
Laboratorium (LAB) Rok akademicki 2020/21

Informacje o zajęciach (wspólne dla wszystkich grup)

Liczba godzin: 30
Limit miejsc: (brak limitu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Literatura:

1. Baj J., Markiewicz Z. 2016. Biologia molekularna bakterii. PWN, Warszawa

2. Kunicki-Goldfinger W.J.H. 2006. Życie bakterii. PWN, Warszawa

3. Singleton P. 2004. Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie. PWN, Warszawa

4. Dziewit Ł., Bartosik D. 2011. Genomy prokariotyczne w świetle analiz genomicznych, Postępy Mikrobiologii 50, s. 87-96.

5. Włodarczyk M. 2002. Co to jest plazmid? Kosmos 3, s. 231-240.

6. Kozdrój J. 2010. Izolacja kwasów nukleinowych ze środowiska - pierwszy krok w analizie metagenomu. Kosmos 59, s. 141-149.

Efekty uczenia się:

Student posługuje się terminologią fachową w celu opisu genomów mikroorganizmów oraz podstawowych procesów zachodzących w

genomach

2. Student opisuje podstawowe techniki biologii molekularnej oraz ich zastosowania w genetyce mikroorganizmów

3. Student nabiera praktycznej umiejętności pracy z aparaturą laboratorium mikrobiologii stosowanej

4. Student dobiera metody badawcze, planuje i przeprowadza eksperymenty z zakresu genetyki mikroorganizmów

5. Student rozpoznaje, ocenia i wykazuje świadomość możliwych zagrożeń mikrobiologicznych w laboratorium oraz środowisku

6. Student wykazuje dbałość o bezpieczeństwo pracy w laboratorium i świadomość poszanowania pracy własnej i innych

Metody i kryteria oceniania:

1. Bieżąca kontrola stanu wiedzy studentów w trakcie zajęć w formie ustnej lub pisemnej (max. 3 pytań).

2. Bieżąca ocena pracy studenta zgodnie z instrukcją prowadzącego.

3. Pozytywna ocena sprawozdań z zajęć.

4. Kontrola obecności studenta na zajęciach laboratoryjnych (zdalnych i stacjonarnych).

5. Zaliczenie na ocenę pozytywną laboratorium na podstawie pozytywnych wyników wszystkich aktywności wymienionych w pkt. 1-4.

6. Spełnienie wszystkich warunków kwalifikuje studenta do dopuszczenia do zaliczenia końcowego.

Zakres tematów:

Laboratorium 1. Struktura i organizacja genomów prokariotycznych:

Organizacja pracy w laboratorium mikrobiologicznym. Zasady pracy z substancjami niebezpiecznymi. Struktura i organizacja genomu u

organizmów prokariotycznych. Metody izolacji i oczyszczania kwasów nukleinowych (izolacja RNA, DNA genomowego, izolacja

plazmidów).

Część praktyczna: Izolacja genomowego DNA bakterii.

Laboratorium 2.

Zagadnienia: Metody elektroforetyczne, spektrofotometryczne oraz spektrofluorymetryczne oceny jakości i ilości wyizolowanego DNA.

Czynniki wpływające na rozdział DNA w żelu agarozowym.

Część praktyczna: elektroforetyczna i spektrofotometryczna ocena jakości i ilości wyizolowanego DNA.

Laboratorium 3. Reguły replikacji DNA. Replisom. Enzymy jako narzędzia inżynierii genetycznej. Polimerazy DNA. Reakcja łańcuchowa

polimeraz (PCR) i jej modyfikacje.

Część praktyczna: nastawianie reakcji amplifikacji PCR. Elektroforeza produktu reakcji.

Laboratorium 4-5: Model restrykcji-modyfikacji. Rodzaje enzymów restrykcyjnych. Techniki badania zmienności mikroorganizmów oraz ich

identyfikacji wykorzystujące enzymy restrykcyjne i reakcję PCR (Rep-PCR, PFGE, RFLP, MLEE, rybotypowanie metodą ARDRA).

Metody badania zmienności mikroorganizmów wykorzystujące metody sekwencjonowania: analiza genu 16S rDNA, MLST,

sekwencjonowanie nowej generacji (NGS).

Część praktyczna: trawienie produktu amplifikacji (laboratorium 2) enzymami restrykcyjnymi oraz analiza elektroforetyczna produktów trawienia.

Laboratorium 6-7. Zmienność mikroorganizmów.

Zagadnienia: Ruchome elementy genetyczne bakterii i ich rola w horyzontalnym transferze genów.

Część praktyczna: izolacja plazmidów. Eksperyment koniugacyjny.

Metody dydaktyczne:

1. Wykonywanie ćwiczeń według instrukcji.

2. Analiza uzyskanych wyników.

3. Pisanie sprawozdań.

4. Prezentacje multimedialne.

5. Konsultacje w formie tradycyjnej lub zdalnej.

6. Nauczanie hybrydowe:

- nauczanie zdalne obejmuje omówienie części teoretycznej (wprowadzenie do części praktycznej), analizy bioinformatyczne, interpretacja wyników

- nauczanie stacjonarne - wykonanie eksperymentów

Grupy zajęciowe

zobacz na planie zajęć

Grupa Termin(y) Prowadzący Miejsca Akcje
1 każda środa, 14:15 - 16:30, (sala nieznana)
Justyna Drewnowska 11/ szczegóły
Wszystkie zajęcia odbywają się w budynku:
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.