Wstęp do genetyki mikroorganizmów 320-BS1-2WGM
Laboratorium (LAB)
Rok akademicki 2020/21
Informacje o zajęciach (wspólne dla wszystkich grup)
| Liczba godzin: | 30 | ||
| Limit miejsc: | (brak limitu) | ||
| Zaliczenie: | Zaliczenie na ocenę | ||
| Literatura: |
1. Baj J., Markiewicz Z. 2016. Biologia molekularna bakterii. PWN, Warszawa 2. Kunicki-Goldfinger W.J.H. 2006. Życie bakterii. PWN, Warszawa 3. Singleton P. 2004. Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie. PWN, Warszawa 4. Dziewit Ł., Bartosik D. 2011. Genomy prokariotyczne w świetle analiz genomicznych, Postępy Mikrobiologii 50, s. 87-96. 5. Włodarczyk M. 2002. Co to jest plazmid? Kosmos 3, s. 231-240. 6. Kozdrój J. 2010. Izolacja kwasów nukleinowych ze środowiska - pierwszy krok w analizie metagenomu. Kosmos 59, s. 141-149. |
||
| Efekty uczenia się: |
Student posługuje się terminologią fachową w celu opisu genomów mikroorganizmów oraz podstawowych procesów zachodzących w genomach 2. Student opisuje podstawowe techniki biologii molekularnej oraz ich zastosowania w genetyce mikroorganizmów 3. Student nabiera praktycznej umiejętności pracy z aparaturą laboratorium mikrobiologii stosowanej 4. Student dobiera metody badawcze, planuje i przeprowadza eksperymenty z zakresu genetyki mikroorganizmów 5. Student rozpoznaje, ocenia i wykazuje świadomość możliwych zagrożeń mikrobiologicznych w laboratorium oraz środowisku 6. Student wykazuje dbałość o bezpieczeństwo pracy w laboratorium i świadomość poszanowania pracy własnej i innych |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
1. Bieżąca kontrola stanu wiedzy studentów w trakcie zajęć w formie ustnej lub pisemnej (max. 3 pytań). 2. Bieżąca ocena pracy studenta zgodnie z instrukcją prowadzącego. 3. Pozytywna ocena sprawozdań z zajęć. 4. Kontrola obecności studenta na zajęciach laboratoryjnych (zdalnych i stacjonarnych). 5. Zaliczenie na ocenę pozytywną laboratorium na podstawie pozytywnych wyników wszystkich aktywności wymienionych w pkt. 1-4. 6. Spełnienie wszystkich warunków kwalifikuje studenta do dopuszczenia do zaliczenia końcowego. |
||
| Zakres tematów: |
Laboratorium 1. Struktura i organizacja genomów prokariotycznych: Organizacja pracy w laboratorium mikrobiologicznym. Zasady pracy z substancjami niebezpiecznymi. Struktura i organizacja genomu u organizmów prokariotycznych. Metody izolacji i oczyszczania kwasów nukleinowych (izolacja RNA, DNA genomowego, izolacja plazmidów). Część praktyczna: Izolacja genomowego DNA bakterii. Laboratorium 2. Zagadnienia: Metody elektroforetyczne, spektrofotometryczne oraz spektrofluorymetryczne oceny jakości i ilości wyizolowanego DNA. Czynniki wpływające na rozdział DNA w żelu agarozowym. Część praktyczna: elektroforetyczna i spektrofotometryczna ocena jakości i ilości wyizolowanego DNA. Laboratorium 3. Reguły replikacji DNA. Replisom. Enzymy jako narzędzia inżynierii genetycznej. Polimerazy DNA. Reakcja łańcuchowa polimeraz (PCR) i jej modyfikacje. Część praktyczna: nastawianie reakcji amplifikacji PCR. Elektroforeza produktu reakcji. Laboratorium 4-5: Model restrykcji-modyfikacji. Rodzaje enzymów restrykcyjnych. Techniki badania zmienności mikroorganizmów oraz ich identyfikacji wykorzystujące enzymy restrykcyjne i reakcję PCR (Rep-PCR, PFGE, RFLP, MLEE, rybotypowanie metodą ARDRA). Metody badania zmienności mikroorganizmów wykorzystujące metody sekwencjonowania: analiza genu 16S rDNA, MLST, sekwencjonowanie nowej generacji (NGS). Część praktyczna: trawienie produktu amplifikacji (laboratorium 2) enzymami restrykcyjnymi oraz analiza elektroforetyczna produktów trawienia. Laboratorium 6-7. Zmienność mikroorganizmów. Zagadnienia: Ruchome elementy genetyczne bakterii i ich rola w horyzontalnym transferze genów. Część praktyczna: izolacja plazmidów. Eksperyment koniugacyjny. |
||
| Metody dydaktyczne: |
1. Wykonywanie ćwiczeń według instrukcji. 2. Analiza uzyskanych wyników. 3. Pisanie sprawozdań. 4. Prezentacje multimedialne. 5. Konsultacje w formie tradycyjnej lub zdalnej. 6. Nauczanie hybrydowe: - nauczanie zdalne obejmuje omówienie części teoretycznej (wprowadzenie do części praktycznej), analizy bioinformatyczne, interpretacja wyników - nauczanie stacjonarne - wykonanie eksperymentów |
||
Grupy zajęciowe
| Grupa | Termin(y) | Prowadzący |
Miejsca  |
Akcje |
|---|---|---|---|---|
| 1 |
każda środa, 14:15 - 16:30,
(sala nieznana)
|
Justyna Drewnowska | 11/ |
szczegóły |
|
Wszystkie zajęcia odbywają się w budynku: |
||||
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.