Genetyka mikroorganizmów 320-MS1-2GMI
Laboratorium (LAB) Rok akademicki 2021/22

1. Baj J., Markiewicz Z. 2016. Biologia molekularna bakterii. PWN, Warszawa

2. Kunicki-Goldfinger W.J.H. 2006. Życie bakterii. PWN, Warszawa

3. Brown T.A. 2015. Genomy, PWN, Warszawa

4. Singleton P. 2004. Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie. PWN, Warszawa

5. Dziewit Ł., Bartosik D. 2011. Genomy prokariotyczne w świetle analiz genomicznych, Postępy Mikrobiologii 50, s. 87-96.

6. Włodarczyk M. 2002. Co to jest plazmid? Kosmos 3, s. 231-240.

7. Kozdrój J. 2010. Izolacja kwasów nukleinowych ze środowiska - pierwszy krok w analizie metagenomu. Kosmos 59, s. 141-149.

8. Black J.G. 2008. Microbiology 7th edition, John Wiley and Sons

9. Baj J. (redaktor), Mikrobiologia, PWN, 2018.

10. Artykuły publikowane w czasopiśmie Kosmos oraz Postępy Mikrobiologii

KP6_WG6 Student zna i rozumie aktualne problemy badań z zakresu genetyki mikroorganizmów oraz podstawowe metody stosowane w laboratoriach mikrobiologicznych, w tym biologii molekularnej oraz pracowni sekwencjonowania

KP6_WG7 Student zna i rozumie fundamentalne prawa z dziedziny nauk ścisłych i przyrodniczych w odniesieniu do dziedziczenia informacji genetycznej na poziomie mikroorganizmów pro- i eukariotycznych, podstawowe narzędzia statystyczne i informatyczne niezbędne do opisu procesów genetycznych u bakterii

KP6_WG8 Student zna korzyści i zagrożenia związane z wykorzystaniem mikroorganizmów w życiu społecznym i gospodarce, w tym z ich modyfikacjami genetycznymi

KP6_UW2 Wykorzystywać wiedzę z zakresu genetyki w celu wykazania jedności i różnorodności świata organizmów żywych ze szczególnym uwzględnieniem mikroorganizmów

KP6_UW4 Student umie posługiwać się podstawowymi narzędziami statystycznymi oraz technikami informatycznymi i bioinformatycznymi w celu analizy danych zebranych z doświadczeń i obserwacji

KP6_UO2 Student umie współdziałać w zespołach badawczych w celu rozwiązywania różnorodnych problemów o charakterze interdyscyplinarnym ze szczególnym uwzględnieniem problematyki mikrobiologicznej

1. Bieżąca kontrola stanu wiedzy studentów przed zajęciami (wejściówki).

2. Bieżąca ocena pracy studenta zgodnie z instrukcją laboratoryjną.

3. Pozytywne oceny z kolokwiów pisemnych.

4. Pozytywna ocena sprawozdań z zajęć.

5. Kontrola obecności studenta na zajęciach laboratoryjnych (dopuszcza się jedną nieobecność)

6. Zaliczenie na ocenę pozytywną laboratorium na podstawie pozytywnych wyników wszystkich aktywności wymienionych w pkt. 1-5.

7. Spełnienie wszystkich warunków kwalifikuje studenta do dopuszczenia do zaliczenia końcowego.

Kryterium oceny prac zaliczeniowych zgodne z kryterium zawartym w:

https://biologia.uwb.edu.pl/studenci/podstrony/kryteria-oceny/

Zagadnienia realizowane w ramach zajęć laboratoryjnych z przedmiotu Genetyka mikroorganizmów:

A) Struktura i organizacja genomu u organizmów prokariotycznych. Metody izolacji kwasów nukleinowych. Metody elektroforetyczne, spektrofotometryczne oraz spektrofluorymetryczne oceny jakości i ilości wyizolowanego DNA. Czynniki wpływające na rozdział DNA w żelu agarozowym.

B) Przyczyny zmienności mikroorganizmów. Techniki badania zmienności mikroorganizmów oraz ich identyfikacji. Identyfikacja

bakterii na podstawie zmienności sekwencji genu 16S rRNA.

C) Sekwencjonowanie metodą Sangera. Sekwencjonowanie najnowszej generacji (NGS). Metagenomika.

D) Wykorzystanie podstawowych narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.

E) Inżynieria genetyczna - klonowanie DNA (omówienie podstawowych technik klonowania DNA, rodzaje enzymów oraz wektorów wykorzystywanych podczas klonowania).

G) Genotypowanie metodą genetycznych odcisków palców (rep-PCR, RAPD-PCR, PCR-RFLP i ITS-RFLP) oraz z wykorzystaniem technik sekwencjonowania genowego (MLST).

H) Zastosowanie elektroforezy w pulsowo zmiennym polu elektrycznym w celu analizy podobieństwa genetycznego szczepów w dochodzeniach epidemiologicznych.

I) Izolacja plazmidów bakteryjnych metodą kolumnową. Izolacja plazmidów bakteryjnych z zastosowaniem techniki uproszczonej lizy alkalicznej w odniesieniu do mega plazmidów Bacillus cereus

J) Samodzielna analiza uzyskanych przez studentów danych z zastosowaniem dostępnych narzędzi bioinformatycznych.

K) Metody analizy ekspresji genów techniką real-time RT-PCR. Różnice w podejściu analitycznym w odniesieniu do komórek prokariotycznych i eukariotycznych.

1. Wykonywanie ćwiczeń według instrukcji.

2. Analiza uzyskanych wyników.

3. Pisanie sprawozdań.

4. Prezentacje multimedialne.

5. Konsultacje.