Diagnostyka mikroorganizmów 320-MS1-2DMI
Laboratorium (LAB) Rok akademicki 2022/23

Literatura podstawowa:

1. Szewczyk E.M. (red.). 2019. Diagnostyka bakteriologiczna. PWN. Warszawa.

2. Bal J. (red.). 2001. Biologia molekularna w medycynie. Elementy genetyki klinicznej. PWN. Warszawa.

3. Słomski R. (red.). 2011. Analiza DNA: teoria i praktyka. UP. Poznań.

4. Pilot M. i Rutkowski R. (red). 2005. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych. MiIZ PAN Warszawa.

5. Węgleński P. (red.). 2018. Genetyka molekularna. PWN. Warszawa.

Literatura uzupełniająca:

1. Mirhendi H. i in. 2005. A simple PCR-RFLP method for identification and differentiation of 11 Malassezia species. Journal of

Microbiological Methods. 05/2005, 61(2): 281-284.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167701204003380?

casa_token=v6Rs5dYZrnQAAAAA:Wys-2HQNdCBc_pR2yWGhvU_8lcdTmMkGAFUChyd529Z2r3Bbpvas7-rPKED05vVMzKsjwrUep74

2. Jagielski i in. 2013. Charakterystyka grzybów z rodzaju Malassezia. I. Aspekty mikrobiologiczne i immunologiczne. Post. Mikrobiol., 52,

3, 295-305.

http://www.pm.microbiology.pl/web/archiwum/vol5232013295.pdf

1. Absolwent charakteryzuje wady i zalety poszczególnych metod stosowanych w diagnostyce mikroorganizmów oraz zna ich zastosowanie

(KP6_WG6);

2. Absolwent diagnozując mikroorganizmy opisuje podstawowe struktury komórkowe pod względem ich budowy i funkcji oraz charakteryzuje

poszczególne grupy organizmów zgodnie z podziałem systematycznym (KP6_WG7, KP6_UW1);

3. Absolwent wykorzystuje podstawowe narzędzia laboratoryjne i urządzenia pomiarowe podczas wykonania badań w celu diagnostyki

mikroorganizmów (KP6_UO1);

4. Posługując się aparatem do elektroforezy, termocyklerem DNA i sekwenatorem absolwent wykonuje podstawowe analizy molekularne w

celu zdiagnozowania określonego mikroorganizmu w systemie MLST (KP6_UO1);

5. Absolwent podczas przygotowywania i prezentowania referatu posługuje się podstawową literaturą fachową w języku ojczystym oraz

posiłkuje się prostą terminologią specjalistyczną w języku obcym na poziomie B2 (KP6_UO1);

6. Absolwent podczas przygotowywania referatu samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w celu jej pogłębiania, analizowania i

syntetyzowania, a także krytycznie analizuje informacje z różnych źródeł oceniając ich wiarygodność (KP6_UO1);

7. Absolwent wykonując zadania zawarte w instrukcji do zajęć laboratoryjnych pracuje samodzielnie i zespołowo w rozwiązywaniu

problemów, wykonuje zadania wynikające z podziału obowiązków pracy w grupie, jest odpowiedzialny za sprzęt, jakość i wiarygodność

uzyskanych wyników, a także szanuje pracę własną oraz innych członków zespołu (KP6_KO2).

Sposoby weryfikacji:

KP6_WG6, KP6_UW1 - kolokwium pisemne (pytania zamknięte)

KP6_UO1 - kontrola poprawności wykonywanych czynności na zajęciach laboratoryjnych

KP6_UO1, KP6_KO2 - przygotowanie i wygłoszenie referatu na zadany temat

1. Sprawdzenie obecności na zajęciach (dozwolona jest jedna nieobecność bez konieczności odpracowywania oraz druga,

USOSweb: Szczegóły przedmiotu: 320-BS1-3DIM, w cyklu: 2020, jednostka dawcy: <brak>, grupa przedm.: <brak>

Strona 5 z 5

02.03.2023 13:41

usprawiedliwiona z koniecznością odpracowania w postaci Referatu na temat obejmujący treści z zajęć, na których Student był

nieobecny).

2. Pozytywna ocena z referatu.

3. Pozytywna ocena ze sprawdzianu pisemnego.

Kryteria ocen zgodnie z kryteriami określonymi w §23 ust. 6 Regulaminu Studiów Uniwersytetu w Białymstoku przyjętego Uchwałą nr

2527 Senatu Uniwersytetu w Białymstoku z dnia 26 czerwca 2019 roku.

1. Wprowadzenie do zajęć.

Organizacja ćwiczeń, wymagania, zasady bezpieczeństwa. Podstawowe techniki w diagnostyce mikroorganizmów- ćwiczenia i zasady

pipetowania.

2. Pozyskanie materiału do badań w diagnostyce mikroorganizmów.

Izolacja DNA bakterii Gram(-) na kolumnach ze złożem krzemionkowym. Elektroforeza na żelu agarozowym.

3. Identyfikacja szczepów z gatunku Malassezia pachydermatis za pomocą techniki PCR-RFLP.

Technika PCR-RFLP – podstawy teoretyczne.

PCR – łańcuchowa reakcja polimerazy (sekwencja podjednostki 26S-rRNA).

RFLP – trawienie produktów reakcji PCR enzymem restrykcyjnym HhaI

4. Diagnostyka mikroorganizmów w oparciu o system MLST, cz.I.

System MLST – podstawy teoretyczne.

PCR – łańcuchowa reakcja polimerazy.

5. Diagnostyka mikroorganizmów w oparciu o system MLST, cz.II.

Oczyszczanie DNA po reakcji PCR.

Reakcja sekwencjonowania.

6. Diagnostyka mikroorganizmów w oparciu o system MLST, cz.III

Usuwanie nieprzyłączonych dideoksynukleotydów (ddNTP) po reakcji

sekwencjonowania.

Rozdział zsekwencjonowanych fragmentów DNA na sekwenatorze kapilarnym ABI 3130.

7. Diagnostyka mikroorganizmów w oparciu o system MLST, cz.IV

Praca z internetową witryną MLST.

Identyfikacja szczepów badanej bakterii w bazie MLST.

8. Podsumowanie (referaty), cz.I

Diagnostyka mikroorganizmów – referaty studentów:

a) "Ogólne zasady postępowania w diagnostyce mikroorganizmów".

b) "Metody oparte na identyfikacji kwasów nukleinowych obecne w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej".

c) "Zakażenia szpitalne i dochodzenia epidemiologiczne".

d) "Diagnostyka chorób infekcyjnych przewodu pokarmowego".

e) "Diagnostyka niektórych chorób przenoszonych przez kleszcze i wektory owadzie".

f) "Badania bakteriologiczne krwi."

9. Podsumowanie (referaty), cz.II

Diagnostyka mikroorganizmów – referaty studentów:

a) "Diagnostyka chorób wywołanych bakteriami beztlenowymi."

b) "Diagnostyka gruźlicy i innych mikrobakterioz."

c) "Diagnostyka chorób infekcyjnych skóry i tkanki podskórnej."

d) "Diagnostyka chorób infekcyjnych układu oddechowego."

e) "Diagnostyka chorób przenoszonych drogą płciową."

f) "Diagnostyka chorób powstałych w wyniku zakażeń okołoporodowych."

10. Sprawdzenie wiedzy i nabytych umiejętności - kolokwium.

1. Studenci wykonują poszczególne eksperymenty zgodnie z przygotowanymi przez prowadzącego Instrukcjami do zajęć laboratoryjnych

- metoda laboratoryjna.

2. Studenci prezentują referat na zadany temat - prezentacja multimedialna.