Biologiczne bazy danych

obowiązkowe

mieszany: w sali i zdalnie

Student poznaje historię ewolucji definicji wiedzy, danych, informacji, przetwarzania informacji i jej deponowania, cechy i typy baz danych (sekwencyjne i niesekwencyjne, bibliograficzne).

Kierunek studiów: biologia

Poziom kształcenia: studia pierwszego stopnia

Profil studiów: ogólnoakademicki

Forma studiów: stacjonarne

Rodzaj przedmiotu: przedmiot obowiązkowy, moduł specjalnościowy (biologia eksperymentalna i molekularna)

Dziedzina nauki ścisłe i przyrodnicze, dyscyplina nauki biologiczne i nauki chemiczne

Rok studiów/semestr: III rok /II semestr (letni)

Wymagania wstępne: student powinien posiadać zakres wiadomości z podstaw taksonomii, biologii i ekologii zwierząt i roślin

Liczba godzin zajęć dydaktycznych: wykład – 15 godz. laboratorium – 30 godz.

Metody dydaktyczne: wykład, wykład konwersatoryjny, burza mózgów, pokaz, konsultacje

Punkty ECTS: 4

Bilans nakładu pracy studenta: Ogólny nakład pracy studenta: 100 godz.

Nakład pracy studenta związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela: 50 godz., w tym:

1) udział w wykładach: 15 godz.;

2) udział w zajęciach pozawykładowych: 15 godz.;

3) udział w konsultacjach/zaliczeniach/egzaminie: 20 godz.

Praca własna studenta (przygotowanie się do zajęć/zaliczeń/egzaminów): 50 godz.

1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Warszawa.

2. Higgs P.W., Attwood T.K. 2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.

3. Xiong J. 2009. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa.

4. Bazy genowych sekwencji nukleotydowych:

- NCBI-GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov

- EMBL http://www.embl.de/

- DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/

5. Bazy sekwencji białkowych:

- UniProt https://www.uniprot.org/

- Swiss-Prot https://www.expasy.org/resources/uniprotkb-swiss-prot

6 Bazy strukturalne:

- Protein Data Bank https://www.rcsb.org/

7. Bazy bibliograficzne:

- NCBl - PubMed https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

- PubMed Central https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/?cmd=search&term

- EBSCO https://www.ebsco.com/pl-pl

- SCOPUS https://www.elsevier.com/pl-pl/solutions/scopus

- Biblioteka Wirtualna (ICM) https://wbn.icm.edu.pl/

8. Bazy taksonomiczne:

- NCBl - Taxonomy - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/

9. Bazy różnorodności biologicznej

- GBIF - https://www.gbif.org

- EUNIS Biodiversity Database - https://www.gbif.org/

- The National Biodiversity Data Centre https://biodiversityireland.ie/

10. Bazy paleobiologiczne:

- The Paleobiology Database PBDB- https://paleobiodb.org/

11. Bazy gatunków inwazyjnych:

- DAISIE - https://www.gbif.org/dataset/39f36f10-559b-427f-8c86-2d28afff68ca

- NOBANIS - https://www.nobanis.org/

- Blobal Invasive Species Database - http://www.iucngisd.org/gisd/

12. Bazy dotyczące ochrony zasobów przyrody:

- IUCN Red List of Threatened Species - https://www.iucnredlist.org/

13. Bazy organizmów i produktów GMO/GMM:

- The European GMO database - https://euginius.eu/euginius/

- OECD BioTrack Product Database - https://biotrackproductdatabase.oecd.org/

- ISAAA - https://www.isaaa.org/

13. Bazy geograficzne:

- Google Earth - https://www.google.pl/intl/pl/earth/

- Geoportal - https://www.geoportal.gov.pl/

1. Student zna jedność i różnorodność organizmów, w tym zasady organizacji życia na poszczególnych poziomach, stosując przy tym właściwą terminologię oraz cechy charakterystyczne poszczególnych grup organizmów zgodnie z podziałem systematycznym (KA6_WG1).

2. Student zna i rozumie powiązania wiedzy biologicznej z innymi dyscyplinami przyrodniczymi oraz aktualne problemy badań biologicznych, podstawowe narzędzia statystyczne i informatyczne, niezbędne do opisu procesów przyrodniczych, najważniejsze prawa matematyczne, chemiczne i fizyczne będące podstawą procesów biologicznych (KA6_WG6).

3. Student potrafi wykorzystać wiedzę dotyczącą podstawowych szlaków biochemicznych w celu wykazania jedności i różnorodności organizmów żywych (KA6_UW3).

4. Student stosuje podstawową terminologię fachową w języku ojczystym oraz w języku obcym na poziomie B2 w celu opisu zjawisk biologicznych oraz zagadnień dotyczących ochrony środowiska i edukacji środowiskowej, jak i prowadzenia dyskusji na różnych forach (KA6_UK9).

5. Student planuje i organizuje pracę indywidualną oraz zespołową, a także pracować samodzielnie i w grupie (KA6_UK10).

6. Student krytycznie analizuje informacje z różnych źródeł oceniając ich wiarygodność (KA6_KK1).

Wykład - egzamin pisemny.

Laboratorium - średnia ocen z prezentacji multimedialnej i zaliczenia praktycznego.

Warunkiem zaliczenia zajęć laboratoryjnych jest pozytywna ocena z kolokwium. Kryteria oceny pisemnych prac zaliczeniowych zgodnie z kryteriami określonymi w §23 ust. 6 Regulaminu Studiów Uniwersytetu w Białymstoku przyjętego Uchwałą nr 2527 Senatu Uniwersytetu w Białymstoku z dnia 26 czerwca 2019 roku.