Biologiczne bazy danych
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 320-BS1-3BBD | Kod Erasmus / ISCED: |
(brak danych)
/
(0519) Nauki biologiczne (inne)
 |
| Nazwa przedmiotu: | Biologiczne bazy danych | ||
| Jednostka: | Wydział Biologii | ||
| Grupy: |
3L stac. I stopnia studia biologiczne-przedm.obowiązkowe III rok I st. Biologia eksperymentalna i molekularna - sem. letni |
||
| Punkty ECTS i inne: |
4.00  zobacz reguły punktacji |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
||
| Założenia (opisowo): | Po ukończeniu przedmiotu student powinien wymienić i opisać biologiczne bazy danych dostępne w sieci interenowej. Student posiada ogólną znajomość oprogramowania bioinformatycznego oraz zdolność samodzielnego wyszukiwania danych w bazach bioinformatycznych oraz ogólnobiologicznych, analizowania ich oraz interpretacji uzyskanych wyników. |
||
| Tryb prowadzenia przedmiotu: | mieszany: w sali i zdalnie |
||
| Skrócony opis: |
Student poznaje historię ewolucji definicji wiedzy, danych, informacji, przetwarzania informacji i jej deponowania, cechy i typy baz danych (sekwencyjne i niesekwencyjne). |
||
| Pełny opis: |
Treści merytoryczne przedmiotu: 1. Bioinformatyka i biologiczne bazy danych. Pierwsze bazy danych. Różnorodność baz danych. 2. Źródła danych biologicznych i rodzaje danych biologicznych. 3. Biologiczne bazy danych oraz struktura ich rekordów. Podział baz danych: niesekwencyjne, sekwencyjne, metabazy. 4. Przegląd internetowych biologicznych baz danych o zasięgu światowym i krajowym. Bazy sekwencji DNA (GenBank, EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss-Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf) i inne bazy wtórne i specjalistyczne. 5. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych. Narzędzia służące do przeglądania i pobierania danych. 6. Wykorzystanie danych zgromadzonych w bazach w badaniach biologicznych (analiza struktury DNA, RNA, analiza sekwencji białek, analiza filogenetyczna) - etapy, modele, programy dostępne w Internecie. 7. Niesekwencyjne bazy danych: - Zasady działania oraz porównanie wyników uzyskanych z baz danych Ebsco, Google Scholar, PubMed, Scopus oraz Web of Knowledge. Wyszukiwanie rekordów według określonych kryteriów (nazwisko i imię, hasło, data publikacji, itp.) oraz przygotowanie zestawień opisujących te rekordy. - Zastosowanie innych biologicznych baz danych o zasięgu światowym i krajowym. Opis biologii i historii wybranych gatunków roślin i zwierząt z zastosowaniem poznanych baz danych. |
||
| Literatura: |
1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Warszawa. 2. Higgs P.W., Attwood T.K. 2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa. 3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov 4. http://www.embl.de/ 5. http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Literatura uzupełniająca: 1. Xiong J. 2009. Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa. 2. http://www.ensembl.org/info/index.html 3. http://www.gbif.org/ |
||
| Efekty uczenia się: |
1.Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z innymi dyscyplinami przyrodniczymi (K_W02). 2. Student potrafi wskazać podstawowe narzędzia informatyczne niezbędne do opisu procesów przyrodniczych i podaje ich przykłady (K_W12). 3. Student posługuje się podstawową literaturą fachową w języku ojczystym oraz posiłkuje się prostą terminologią specjalistyczną w języku obcym, korzystając z dostępnych baz danych (K_U06, K_U07, K_U15). 4. Student samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w celu jej pogłębiania, aktualizowania i syntetyzowania oraz prezentuje treści naukowe (K_U08). 5. Pracuje samodzielnie i zespołowo w rozwiązywaniu problemów (K_K02). 6. Student wykazuje kreatywność w poszukiwaniach i doborze danych z literatury i krytycyzm w wyrażaniu opinii (K_U16, K_K03). |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
Metody dydaktyczne: wykład, konsultacje, laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i danych internetowych. Formy zaliczenia przedmiotu: zaliczenie na ocenę laboratoriów i wykładu, obecność na wykładach obowiązkowa. |
||
Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2020/21" (w trakcie)
| Okres: | 2020-10-01 - 2021-06-30 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 15 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Ada Wróblewska | |
| Prowadzący grup: | Paweł Mirski, Izabela Tałałaj, Ada Wróblewska | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie na ocenę
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet w Białymstoku.